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TEMは結晶中の欠陥の評価にも多く使われていますが、全ての欠陥がTEMで観察できるわけではありません。例えば、点欠陥のような欠陥はTEMでは観察できません。これはTEMが一つ一つの原子そのものを見ているわけではないことに関係しています。